依據：
（一）行政院九十九年七月一日院臺建字第○九九○○三四七○○號函核定國家重要濕地保育計畫（一百至一百零五年）。
（二）行政院九十九年八月三十一日院授主忠字第○九九○○○五三九七A號令修正中央對直轄市及縣（市）政府補助辦法。
二、宗旨：
補助直轄市及縣（市）政府、鄉（鎮、市）公所、法人、團體或大專校院等（以下稱執行單位），以由下而上之方式參與濕地生態保育。
三、申請補助單位：
（一）申請補助單位為直轄市及縣（市）政府。執行單位之申請提案，應報經直轄市及縣（市）政府辦理初審後統一彙整提報，否則不予受理。
（二）以內政部（以下簡稱本部）營建署責任劃分之五十五處濕地（國家公園範圍內濕地，另由國家公園統籌辦理保育復育工作）及經濟部水利署責任劃分之六處濕地為優先辦理濕地生態保育補助範圍。其他未列國家重要濕地者，經本部營建署或經濟部水利署評估後，亦得予辦理補助。（國家重要濕地責任分工詳附件一）